اگر کسی به کتاب خمینی و دولت اسلامی مراجعه کند می یابد که چنین نسبتی به شیخ محمد جواد مغنیه کذب محض است؛ وی در آن کتاب اساساً در مقام مقایسه و برتری بین آن دو شخصیت نیست، بلکه او در کتابش تصریح می کند که امکان مقایسه بین یک عالم و مرجع تقلید و انسان معصوم حتی در مقام عمل یعنی حیطۀ فعالیت های دینی و آثار و برکاتش در جامعه وجود ندارد، تا چه رسد به مقام و منزلت معنوی. مغنیه در این جا در مقام بیان دو نوع از غضب است که از انسان های صالح و بزرگ هنگام امر به معروف و نهی از منکر صادر می شود؛ از این رو وقتی خواست صفت امر به معروف از امام خمینی را در مقابل محمد رضا شاه بیان کند، گفت: این صفت و ویژگی از سنخ غضب هایی نیست که به سرعت زایل شود، بلکه از نوع غضب های راسخی است که از بین نمی رود، مگر به ازبین رفتن طاغوت زمانش یعنی شاه ایران؛ مانند این که حضرت موسی در مقابل فرعون چنین کرد.